De volta à elite
O CT João Saldanha foi inaugurado em 2004.
Na sua volta à elite em 2004, o ano do centenário do futebol do clube, a equipe voltou a fazer uma má campanha no Campeonato Brasileiro e só escapou de um novo rebaixamento na última rodada, ao empatar em 1 a 1 com o Atlético Paranaense, em Curitiba e graças a uma combinação de resultados.
Para celebrar o centenário, foram realizados uma série de eventos comemorativos e também um jogo festivo contra o Grêmio. As duas equipes utilizaram uniformes retrô, embora atuassem com times reservas por estarem disputando o Brasileirão. O jogo terminou com vitória por 4 a 1 do Botafogo, no Estádio Caio Martins.
A partir de 2005, o Botafogo iniciou um processo de estabilização. Administrativamente, salários foram postos em dia, jogadores tiveram seus contratos estendidos para resguardar o clube em futuras negociações e diversos patrocínios foram fechados. O clube buscava estruturar-se gradualmente.
No início daquele ano, a equipe conquistou o terceiro lugar no Estadual, sendo a segunda equipe que mais somou pontos nas fases de pontos corridos. No Campeonato Brasileiro o time começou de forma fulminante. Liderou o torneio, fato que não ocorria desde o título de 1995, por sete rodadas. Porém, o então técnico Paulo César Gusmão desentendeu-se com a diretoria do clube e pediu demissão. Logo, a equipe caiu de rendimento, perdeu a liderança e teve mais duas trocas de treinador. O Botafogo teve que se contentar com a nona colocação e uma vaga na Copa Sul-Americana.
Lúcio Flávio, meia e atual capitão do Botafogo.
Em 2006, a equipe de futebol profissional finalmente conquistou seus primeiros títulos no século XXI. Venceu a Taça Guanabara, primeiro turno do Estadual do Rio, e depois conquistou o título do Campeonato Carioca ao bater o Madureira na final com duas vitórias, 2 a 0 e 3 a 1. Os destaques do time, comandado pelo ex-jogador alvinegro Carlos Roberto, foram Dodô, artilheiro da competição com 9 gols, Lúcio Flávio, Zé Roberto e o capitão Scheidt.
Pelo Brasileirão, o time começou mal a campanha e Carlos Roberto foi substituído por Cuca. O novo técnico levou o clube, que corria risco de rebaixamento, a conquistar uma vaga na Sul-Americana de 2007. Além disso, o atacante Marcelinho fez o milésimo gol do clube pela competição[28], no dia 13 de Agosto, em partida disputada no Maracanã contra o Palmeiras válida pela 16ª rodada. O Botafogo terminou o campeonato em 12° lugar. Na Sul-Americana de 2006, o Botafogo foi eliminado na primeira fase para o Fluminense nos pênaltis, após ter sofrido um gol polêmico no final da partida.
Na Taça Guanabara de 2007, o time preto e branco foi eliminado na primeira fase da competição ao perder na última rodada para o Boavista. Porém, na Taça Rio, a equipe recuperou-se. Jogando um futebol moderno que lhe rendeu o apelido de Carrossel Alvinegro, o Botafogo, guiado pelo artilheiro do campeonato Dodô, Zé Roberto, Lúcio Flávio, Jorge Henrique e Túlio foi campeão ao bater a Cabofriense na final do turno. Na finalíssima, sagrou-se vice-campeão do Carioca nos pênaltis, após dois empates em 2 a 2, contra o Flamengo.
Vista externa do Estádio Olímpico do Botafogo.
O fracasso no Estadual não seria o único naquele ano. O Botafogo era apontado como favorito em todas as competições que disputava, mas nada ganhou[29]. Na Copa do Brasil, o time foi eliminado nas semifinais pelo Figueirense, após perder em Florianópolis, por 2 a 0, e vencer um polêmico jogo, em que teve dois gols seus anulados[30], por 3 a 1, no Maracanã.
No Brasileiro, a equipe iniciou a campanha bem e liderou o torneio por 11 rodadas, terminando o primeiro turno na segunda colocação, mas problemas internos geraram uma grande queda de rendimento que fez o alvinegro cair na tabela. No segundo turno, a equipe oscilou muito e acabou fazendo uma campanha fraca, mas, devido ao bom turno anterior, o Botafogo ainda conseguiu terminar o Campeonato Brasileiro na nona colocação, garantindo, pelo terceiro ano consecutivo, a vaga para a Copa Sul-Americana.
Na Copa Sul-Americana 2007, o Botafogo foi derrotado nas oitavas-de-final para o River Plate em um jogo histórico. Venceu a primeira partida no Rio de Janeiro por 1 a 0, mas, no Monumental de Nuñez, esteve por duas vezes a frente no placar e com um jogador a mais, mas acabou perdendo por 4 a 2 e eliminado da competição[31]. Esta derrota gerou o pedido de demissão de Cuca, que foi substituído por Mário Sérgio. Porém, nove dias depois de sua saída, Cuca retornou ao alvinegro devido ao insucesso do treinador.
Mesmo com algumas decepções, o ano de 2007 ficou marcado por inovações do Botafogo. O clube apresentou um projeto para revelar novos jogadores a partir de inscrições pela internet chamado Craques do Botafogo[32]. O Botafogo ainda conseguiu o direito de administrar o Estádio Olímpico João Havelange[33], onde passou a mandar suas partidas a partir de setembro, por 20 anos.
Time do Botafogo saudando torcida em seu estádio.
Em 2008, o Botafogo foi campeão da Copa Peregrino, competição internacional amistosa disputada no Rio de Janeiro envolvendo clubes do Brasil e da Noruega, organizada pelos europeus. Na Taça Guanabara, fez boa campanha, mas perdeu por 2 a 1, na final, contra o Flamengo. Após o jogo, a insatisfação alvinegra com a arbitragem foi tamanha que o presidente Bebeto de Freitas pediu renúncia do cargo, alegando que ‘não aguenta mais as coisas que acontecem no futebol carioca’[34] e o técnico Cuca disse que sua vontade era ir embora[35]. No confronto entre os dois na Taça Rio, o Botafogo venceu por 3 a 2 e quebrou um jejum de 4 anos sem vencer seu maior rival. Ainda na Taça Rio, o Botafogo aplicou a maior goleada do campeonato e também da história do Estádio Olímpico João Havelange: 7 a 0 sobre o Macaé, no primeiro confronto entre os dois clubes. O alvinegro sagrou-se bicampeão do segundo turno, ao vencer, por 1 a 0, o Fluminense Football Club[36] e foi jogar sua terceira final consecutiva de Estadual, mas foi derrotado, como no ano anterior, pelo Flamengo, perdendo as duas partidas da finalíssima, por 1 a 0 e 3 a 1.
Na Copa do Brasil desse ano, o Botafogo repetiu o desempenho do ano anterior, chegando até às semifinais. Dessa vez, a equipe foi eliminada pelo Corinthians, nos penaltis, por 5 a 4. Esta derrota ocasionou o pedido de demissão de Cuca, que foi substituido por Geninho[37]. Depois de 40 dias, duas vitórias, um empate e três derrotas, Geninho foi demitido[38] e Ney Franco assumiu o comando da equipe















amo o lucio de flavio…